Nach seinem mit Auszeichnung abgeschlossenen Studium trat Gerhard Eggers 1936 als Versuchsingenieur in die Junkers Flugzeug- und Motorenwerke AG in Dessau ein. Dort wurde er bald wissenschaftlicher Chefassistent von Prof. Dr.-Ing. Heinrich Hertel, dem Entwicklungschef und technischen Vorstandsmitglied des Unternehmens.
Projekte

Eggers war an der Entwicklung bedeutender Projekte beteiligt, mit Schwerpunkten in Aerodynamik, Statik und Raketenantrieben:
- Ju 87 („Stuka“) – Sturzkampfflugzeug
- Ju 86 – u. a. Höhenflugversionen mit Vollsichthöhenkabine
- Ju 288 und Ju 252
- Ju 248 („Super-Komet“) – Raketenflugzeug
Verbindung zu Heinrich Hertel
Die Zusammenarbeit mit Heinrich Hertel prägte Eggers’ gesamte Laufbahn. Jahrzehnte später, nach Hertels Tod im Dezember 1982, verfasste Eggers den Nachruf auf seinen früheren Chef, in dem er ihn als Persönlichkeit würdigte, die „gediegene Fachkenntnis, Phantasie, Optimismus, Humor, Tatendrang, Ausdauer und Führungseigenschaften in seltener Harmonie vereinigte“. Der Nachruf ist in der Schriftenreihe des Instituts für Luft- und Raumfahrt der TU Berlin (ILR-Mitteilung 55) dokumentiert.
Kriegsende
1944 wurde die Familie nach Gernrode evakuiert. Mit dem Zusammenbruch 1945 endete die Tätigkeit in Dessau; in Deutschland bot sich für Luftfahrtingenieure keine Perspektive mehr. Um nicht in die USA oder die Sowjetunion gehen zu müssen, entschied sich Eggers für Frankreich.
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