Na zijn met onderscheiding afgesloten studie trad Gerhard Eggers in 1936 als proefingenieur in dienst bij de Junkers Flugzeug- und Motorenwerke AG in Dessau. Daar werd hij al snel wetenschappelijk hoofdassistent van prof. dr.-ing. Heinrich Hertel, het hoofd ontwikkeling en technisch bestuurslid van het bedrijf.
Projecten

Eggers was betrokken bij de ontwikkeling van belangrijke projecten, met zwaartepunten in aërodynamica, sterkteleer en raketaandrijving:
- Ju 87 („Stuka”) – duikbommenwerper
- Ju 86 – o.a. hoogtevluchtversies met volledig beglaasde drukcabine
- Ju 288 en Ju 252
- Ju 248 („Super-Komet”) – raketvliegtuig
Band met Heinrich Hertel
De samenwerking met Heinrich Hertel tekende Eggers’ hele loopbaan. Tientallen jaren later, na Hertels dood in december 1982, schreef Eggers het in-memoriam voor zijn vroegere chef, waarin hij hem eerde als een persoonlijkheid die „gediegene Fachkenntnis, Phantasie, Optimismus, Humor, Tatendrang, Ausdauer und Führungseigenschaften in seltener Harmonie vereinigte” („gedegen vakkennis, fantasie, optimisme, humor, daadkracht, doorzettingsvermogen en leiderschap in zeldzame harmonie verenigde”). Het in-memoriam is gedocumenteerd in de publicatiereeks van het Institut für Luft- und Raumfahrt van de TU Berlijn (ILR-Mitteilung 55).
Einde van de oorlog
In 1944 werd het gezin geëvacueerd naar Gernrode. Met de ineenstorting van 1945 eindigde het werk in Dessau; in Duitsland was er voor luchtvaartingenieurs geen perspectief meer. Om niet naar de VS of de Sovjet-Unie te hoeven, koos Eggers voor Frankrijk.
Volgend station: Frankrijk: SNECMA (1946–1959)